核酸分子量换算工具

说明与计算公式

1. 分子量

• 单链（5′-OH）：MW = Σ 各碱基残基分子量 − 61.96（Da）
• 单链（5′-磷酸化）：MW = Σ 各碱基残基分子量 + 18.02（Da）
• 双链 DNA：MW = 2 × 单链 MW（互补链加和，退火不脱水）

残基分子量与末端修正采用 IDT 常用口径；经验估算：双链 DNA ≈ 660 Da/bp，单链 DNA ≈ 330 Da/nt，单链 RNA ≈ 340 Da/nt。含简并碱基时按四种碱基平均值估算。

2. 质量 / 摩尔 / 拷贝数换算

• 物质的量 (mol) = 质量 (g) ÷ MW
• 拷贝数 = 质量 (g) ÷ MW × 6.02214076×10²³
• ng = pmol × MW ÷ 1000；pmol = ng × 1000 ÷ MW
• 经验值：1 kb 双链 DNA 的 1 μg ≈ 1.52 pmol；1 pmol ≈ 0.66 ng

3. OD₂₆₀ 与消光系数

• ε₂₆₀ 按单碱基加和估算（见上表，单位为 ×10³ M⁻¹cm⁻¹）
• 经验法则（1 cm 光径）：双链 DNA 50、单链 DNA 33、RNA 40（μg/mL 每 OD₂₆₀）
• OD₂₆₀ = c (mol/L) × ε₂₆₀；质量 (μg/mL) = MW ÷ ε₂₆₀ × 1000
• 注意：双链 DNA 存在减色效应，ε 加和估算会略偏高，定量请以上机实测为准

4. Tm 值（引物）

• Wallace 法则（≤14 nt）：Tm = 2×(A+T) + 4×(G+C)（℃）
• 最近邻法（SantaLucia 1998 统一参数）：Tm = ΔH×1000 ÷ (ΔS + 1.987×ln(Ct/4)) − 273.15 + 16.6×log₁₀[Na⁺]，ΔH 单位 kcal/mol、ΔS 单位 cal/(mol·K)、Ct 为引物总浓度、[Na⁺] 为 mol/L
• 盐离子校正：Mg²⁺ 按 [Na⁺]eq = [Na⁺] + 120×√[Mg²⁺] 折算为钠离子当量（von Ahsen 等）
• 短序列（≤14 nt）请优先参考 Wallace 值；长序列参考最近邻值

5. GC 含量分布图

• 滑动窗口（默认 50 nt，步长 = 窗口的一半）逐段计算 GC% = (G+C) ÷ 窗口长度 × 100%
• 每个窗口的 GC% 对应其中心碱基位置作图

6. qPCR 标准品稀释

• 原液拷贝浓度 (copies/μL) = 质量浓度 (g/μL) ÷ MW × 6.022×10²³
• 总稀释倍数 = 原液拷贝浓度 ÷ (目标拷贝数 ÷ 加样体积)
• 逐级稀释原则：每步不超过 1:1000，取样体积保持 1–20 μL

7. 免责声明

本工具所有计算均在本地浏览器完成，序列数据不上传。计算结果为理论估算值，仅供实验参考；关键实验请以实际测量（如 NanoDrop、qPCR 标准曲线）为准。

作者：木桩子