使用说明
工具简介
本工具为DNA序列比对软件，无需安装，打开即用。支持将最多20条查询序列与1条目标序列进行比对，自动识别正向匹配和反向互补匹配，并以可视化方式展示比对结果。
功能概览
序列输入
输入1条目标序列和最多20条查询序列，支持FASTA格式，自动清洗非标准碱基。
参数自定义
支持局部比对/全局比对切换，自定义匹配得分、错配罚分、Gap罚分等参数。
可视化比对
彩色显示比对结果，绿色表示匹配，红色表示错配，灰色表示Gap，一目了然。
双向匹配
自动检测查询序列的正向和反向互补方向，选择最优匹配方向展示。
NCBI BLAST
一键跳转到NCBI BLAST网站，预填序列进行在线比对验证。
结果导出
支持导出为Excel统计表格(.xlsx)和SVG矢量图(.svg)。
操作步骤
在"序列输入"模块中粘贴目标序列和查询序列，支持FASTA格式
在"参数设置"模块中根据需要调整比对类型和打分参数
点击"开始比对"按钮，等待计算完成后查看可视化结果
在"比对结果"模块中查看可视化比对图，可选择导出为Excel统计表格或SVG矢量图
图例说明
序列输入
输入目标序列和查询序列（最多20条）
目标序列（Target）
必须查询序列（Query）
0 / 20参数设置
自定义比对算法参数，每项均附作用说明
比对类型
局部比对：只比对序列中最相似的区域，适合查找查询序列在目标序列中的最佳匹配位置。推荐用于查找引物或片段在基因组中的位置。
打分参数
两个相同碱基匹配时的加分值，分值越高越鼓励匹配。
两个不同碱基错配时的扣分值，分值越高越惩罚错配，比对会更严格。
在比对中引入一个空位（gap）时的初始扣分，高分值会减少gap数量。
空位每延长一个碱基的额外扣分，高分值会缩短gap长度，鼓励短gap而非长gap。
最低比对得分，低于此值的匹配结果将被过滤隐藏。设为0表示不过滤。
最低一致性百分比(0-100)，低于此值的匹配结果将被过滤隐藏。设为0表示不过滤。
比对结果
可视化展示序列比对结果
暂无比对结果。请先在"序列输入"模块中输入序列并点击"开始比对"。
NCBI BLAST
使用NCBI官方BLAST工具进行在线比对验证
工具简介
NCBI BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是NCBI官方提供的序列比对工具，拥有全球最大的核酸和蛋白质序列数据库，可以进行更权威的在线比对验证。